動画⇒静止画連番ファイル書き出しについて

QuickTime動画(.mov)をWindows上で静止画連番に書き出したくてフリーソフトを探していたところ,著名なTMPGEですんなり行けた.以下を参考に.
http://www.softnavi.com/tmpgenc.htm
http://aqua-movie.sakura.ne.jp/page092.shtml


また,初めは.movを読みこめなかったので,以下を参考に
http://www.ironhearts.com/diary/archives/000748.html
http://www.geocities.com/SiliconValley/4942/svcd.html


動画チェックとしてのQuickTimeはコマ送り出来るという理由で好きなんだが,Windowsユーザーとしては動画形式の互換がどうも面倒な時も….
今現在残る課題としては,


・圧縮⇔サイズ縮小
FAT32のファイル上限(4GB?)


特にFAT32は困っていて,HD画像みたいなでっかい素材をMacで取り込み⇒Windowsで編集みたいな時は普通はどうするんだろう.